Вечнозеленый кустарник высотой 1—3 м, реже дерево высотой до 12 м семейства кипарисовых. Женские шишки — шишкоягоды, многочисленные, продолговато-яйцевидные, бледно-зеленые, сидят на очень коротких ножках. Семена продолговато-трехгранные, желто-бурые, созревают осенью следующего года.
Шишкоягоды содержат до 2% эфирного масла, до 40% сахаров, красящие вещества, органические кислоты (муравьиную, уксусную, яблочную), смолы, а также микроэлементы марганец, железо, медь и алюминий; хвоя — до 270 мг% витамина С. В корнях найдены эфирные масла; смолы, сапонины, дубильные и красящие вещества. Растение ядовито.
В медицине употребляют шишкоягоды, называемые можжевеловыми ягодами. Собирают их осенью в период полного созревания. Применяют их как мочегонное средство, дезинфицирующее мочевыводящие пути, как отхаркивающее и улучшающее пищеварение. Эфирное масло их хвои обладает сильными дезинфицирующими свойствами, им лечат трихомонадный кольпит. Плоды входят в состав микстуры по прописи М. Н. Здренко, употребляемой для лечения папилломатоза мочевого пузыря, анацидного гастрита и язвенной болезни желудка.
Из древесины сухой перегонкой получают так называемое пригорелое можжевеловое терпентинное масло (можжевеловый деготь), рекомендуемое как наружное болеутоляющее и отвлекающее средство. Шишкоягоды применяют в гомеопатии. В народной медицине их использовали внутрь при отеках, малярии, заболеваниях почек, цистите, при желчнокаменной и мочекаменной болезнях, заболеваниях печени, от белей, при подагре, ревматизме; наружно — при болях в ушах, как отвлекающее средство при ревматических и подагрических болях, для полосканий при воспалении десен, при мокром лишае, чесотке. Корни употребляли при туберкулезе, бронхите, язвенной болезни желудка, кожных болезнях; отвар веток — при аллергии. Шишкоягоды используют в ветеринарии. Их применение противопоказано при воспалении почек — оно может вызвать появление крови в моче, серьезные отравления и усиление воспалительного процесса.
Можжевельник обыкновенный обладает сильными фитонцидными свойствами. Издавна замечено, что в тех местах, где он растет, чище воздух, туда идут истощенные больные животные, которые, поедая шишкоягоды, восстанавливают силы. Очевидно, не случайно в Северной Америке индейцы для лечения туберкулеза кожи, костей и суставов помещали больных в заросли этого растения, где воздух насыщен целебными летучими выделениями. Еще в I в. Вергилий писал, что во время сильнейших эпидемий холеры жилища следует окуривать ветками можжевельника.
Из полученного из незрелых шишкоягод эфирного масла делают иммерсионное масло для микроскопических исследований и освежающие эссенции.
Шишкоягоды применяют в ликеро-водочной промышленности, пивоварении, при изготовлении морса, конфет, пряников. Хвою и плоды используют для копчения мясных и рыбных продуктов. В некоторых западноевропейских странах распространено производство можжевеловой водки (джин).